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生物信息学
生物合成基因簇识别
AntiSMASH : 基于蛋白相似性挖掘细菌、真菌、植物次级代谢产物生物合成基因簇
PRISM4 : 细菌天然产物生物合成基因簇、结构及活性预测
EvoMining : 基于进化挖掘细菌和古菌天然产物生物合成基因簇
CO-OCCUR : 基于进化挖掘真菌天然产物生物合成基因簇
RRE-finder : 通过识别RRE结构域挖掘新型RiPP基因簇
DecRippter : 基于泛基因组和机器学习挖掘新型RiPP基因簇
ARTS 2.0 : 基于抗生素耐药基因靶向挖掘天然产物生物合成基因簇
生物合成基因簇比较
BiSCAPE/COROSON : 不同基因组来源的基因簇相似性比较、聚类及多样性分析
BiG-SLICE : 百万级别BGCs相似性比较、聚类分析
生物合成基因簇数据库
MiBIG : 经实验验证的生物合成基因簇数据库
AntiSMASH-DB V3 : 基于antiSMASH V5.2预测的细菌及少量真菌和古菌来源的高质量天然产物生物合成基因簇数据库
IMG-ABC V5 : 基于antiSMASH V5预测的及少量经实验验证的天然产物生物合成基因簇数据库
Prospect : 基于antiSMASH V4预测的真菌来源天然产物生物合成基因簇数据库
BIG-FAM : 基于antiSMASH 预测的细菌、古菌、真菌及宏基因组来源的天然产物生物合成基因簇家族数据库
化学信息学
基于质谱的天然产物分析
MZmine 3.0 : 质谱数据处理软件GNPS : 质谱数据聚类、排重和注释分析及储存和分享的综合平台
Moldiscovery : 基于理论质谱库搜索实现天然产物排重及自动注释
CycloNovo : 环肽从头解析
NRPro : 基于理论质谱库搜索实现肽类天然产物排重及自动注释
SIRIUS : 基于高分辨质谱实现分子式及分子结构的从头注释
基于NMR的天然产物分析
SMART 2.1 : 1H-13C HSQC图谱自动解析平台
DP4-AI : 13C 和1H NMR数据自动处理和注释程序
NP-MRD : 天然产物核磁共振数据库
微生物天然产物数据库
NP Atlas : 微生物天然产物数据库
Streptome-DB 3.0 : 链霉菌来源天然产物数据库
NORINE : 非核糖体肽类化合物数据库
COCONUT : 开源天然产物数据库集